Yayasan Lumen Fidei menjadi payung hukum sekaligus penyelenggara Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik St, Yohanes Rasul Jayapura. Dasar hukum pembentukan yayasan ini ialah Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia nomor AHU – 3941.AH.01.04. Tahun 2013.