Cikal bakal berdirinya STPK St. Yohanes Rasul Jayapura dimulai dengan PGAK St. Stefanus pada tahun 1979. Pendiriaan PGAK ini didorong oleh adanya kebutuhan tenaga pengajar pendidikan agama Katolik pada sekolah-sekolah di Papua.

Seiring dengan perkembangan dunia pendidikan dan tuntutan Pemerintah terhadap profesionalitas tenaga pendidik, maka pada tahun 1990 PGAK ditutup dan diusahakan program pendidikan setara diploma. Untuk mendukung usaha ini, Dirjen Bimas Katolik mengeluarkan surat keputusan no. G/PP.00.09/1124/1990, Tentang Izin Bagi IPI Malang Filial di Jayapura. Hal ini kemudian ditindaklanjuti dengan SK Rektor Institut Pastoral Indonesia No. 07 tahun 1990, no. MLG-01/SK/Dip/ IPI/VIII/1990, tanggal 8 Agustus 1990. Berdasarkan surat dari Dirjen Bimas Katolik dan Rektor IPI malang itu, bapak Uskup Jayapura, Mgr. Herman Munninghof OFM, mengeluarkan SK No. 542/US/skr/1991 Tentang Pendirian IPI Malang Filial Jayapura Program D2/D3 di Waena, Keuskupan Jayapura.

Tahun 2003 Pemerintah RI mensahkan UU no. 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan kemudian UU no. 24 tahun 2005 tentang Guru dan Dosen menyesuaikan tuntutan baru ini, STP-IPI Malang Filial Jayapura berbenah diri untuk memulai program S1. Pada tanggal 28 Oktober 2006 Bapak Uskup Keuskupan Jayapura, Mgr. Leo Laba Ladjar OFM mengeluarkan SK No. 272/2007/1.7.7 tentang Pembentukkan Tim Kajian. Tim ini bertugas mempelajari sekaligus juga menyiapkan segala hal yang dibutuhkan bagi pembukaan Program Studi Strata-1. Setelah semuanya siap, pada tanggal 11 Juni 2007, Bapak Uskup mengeluarkan SK no. 153/2007/1.7.7 tentang pendirian STPK ST. Yohanes Rasul.

Pemerintah Daerah, dalam hal ini Kanwil Bimas Katolik Kementrian Agama RI Provinsi Papua, memberikan dukungan karena masih banyak tenaga guru Agama Katolik yang pendidikannya setara diploma. Departemen Agama, RI kemudian mengeluarkan SK Dirjen Bimas Katolik Departemen Agama RI No. DJ.IV/MK.005/97 pada tanggal 21 Agustus 2007 tentang Izin Operasional Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Santo Yohanes Rasul Jayapura. Akhirnya pada tanggal 06 September 2007 diresmikanlah Program Strata Satu Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Jayapura, oleh Dirjen Bimas Katolik, Drs. Stef Agus.

Akhirnya, untuk memenuhi tuntutan Pemerintah tentang badan penyelenggara Perguruan TInggi, maka Keuskupan Jayapura sebagai pendiri dan pemilik STPK mendirikan Yayasan Lumen Fidei.