Penyandang beasiswa pendidikan untuk mahasiswa Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Santo Yohanes Rasul Jayapura berasal dari beberapa pihak antara lain Pemerintah Pusat (Ditjen Bimas Katolik), Pemerintah Daerah (Pemda), Yayasan dan Donatur. Pada prinsipnya setiap mahasiswa berhak mengajukan beasiswa namun harus memenuhi persyaratan yang ditentukan oleh masing-masing lembaga penyalur beasiswa.
