Visi Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Santo Yohanes Rasul Jayapura yaitu:
Terbentuknya katekis pastoral yang Injili, berdedikasi, peka terhadap tanda-tanda zaman, mampu menerjemahkan Injil sesuai dengan situasi dan kondisi masyarakat demi terwujudnya Gereja sebagai persekutuan umat mandiri yang misioner.
Misi Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Santo Yohanes Rasul Jayapura:
- Mendidik mahasiswa untuk menjadi guru agama yang terampil dan profesional mengajar agama di SD, SMP DAN SMA/SMK.
- Mendidik mahasiswsa untuk menjadi tenaga katekis pastoral yang setia pada Kitab Suci dan ajaran Gereja
- Mendidik mahasiswa untuk menjadi katetis pastoral yang peka akan situasi umat dan penuh semangat dalam mewartakan Injil Tuhan.
- Mendidik mahasiswa untuk menjadi tenaga Katekis Pastoral yang mampu mendampingi dan menggerakan komunitas basis gerejawi menjadi suatu komunitas mandiri yang misioner.
Tujuan Sekolah Tinggi Pastoral Kateketik Santo Yohanes Rasul Jayapura :
- Meningkatnya mutu lulusan sesuai dengan perkembangan Gereja dan masyarakat;
- Terwujudnya suasana kehidupan kampus yang sejuk dan harmonis, yang mendorong semangat belajar dan berkarya yang berkelanjutan bagi sivitas akademika dan pegawai berdasarkan pada penegakan etika dan norma hukum;
- Meningkatnya kualitas dan kuantitas hasil penelitian di bidang pendidikan, pastoral dan kateketik dan
- Terwujudnya STPK sebagai dapur evangelisasi bagi keuskupan Jayapura.